Efter VSL (virksomhedsskatteloven) § 3, stk. 6, reguleres indskudskontoen årligt ved indkomstårets udløb. Ved disse årlige reguleringer tillægges årets indskud, mens hævninger på indskudskontoen fradrages. Dette bevirker, at reguleringer af værdierne af aktiver og passiver i virksomheden, som f.eks. en ændring af ejendomsværdi og ændret kontantværdiansættelse af aktiver og gæld, ikke i sig selv påvirker indskudskontoen uanset, om reguleringerne er skattepligtige/fradragsberettigede eller ej og uanset, om gevinsten/tabet er realiseret eller urealiseret.
Urealiserede kapitalgevinster vil således ikke forøge indskudskontoen. Hvis den skattepligtige imidlertid trækker en urealiseret kapitalgevinst ud til private formål, er der tale om en hævning i den almindelige hæverækkefølge, jf. VSL (virksomhedsskatteloven) § 5, stk. 1. Hævningen vil dermed efter omstændighederne reducere indskudskontoen. Hvis den urealiserede kapitalgevinst belånes, og låneprovenuet anvendes til private formål, vil der ligeledes være tale om en hævning, som efter omstændighederne kan reducere indskudskontoen.
Indskudskontoen påvirkes ikke af, at virksomheden belåner urealiserede kapitalgevinster og anvender provenuet erhvervsmæssigt. I så fald fragår renteudgifterne ved opgørelsen af virksomhedens overskud.
Den skattepligtige kan endvidere optage lån privat mod sikkerhed i virksomhedens aktiver, uden at dette påvirker indskudskontoen. Da der er tale om et privat lån, vil renteudgiften være negativ kapitalindkomst.
Da indskudskontoen ikke påvirkes af tab, vil den skattepligtige ikke miste sin mulighed for at hæve sit oprindelige indskud som følge af tab. Dette gælder, hvad enten tabene er fradragsberettigede som f.eks. driftsunderskud eller ikke fradragsberettigede som f.eks. kurstab på en obligationsbeholdning, og det gælder uanset om tabene er realiserede eller ej.
Realiserede kapitalgevinster i virksomheden, der ikke er skattepligtige, vil ikke forøge indskudskontoen. Sådanne gevinster kan kun udtages til private formål i den almindelige hæverækkefølge efter VSL (virksomhedsskatteloven) § 5, stk. 1. Dette kan eventuelt medføre endelig beskatning af årets overskud eller opsparet overskud.
Realiserede kapitalgevinster, der er skattepligtige, vil heller ikke i sig selv påvirke indskudskontoen. Skattepligtige kapitalgevinster vil kunne udtages i hæverækkefølgen som en del af virksomhedens overskud.
Indskudskontoen påvirkes i det omfang, den skattepligtige uden om hæverækkefølgen overfører beløb fra indskudskontoen til mellemregningskontoen ved delvis afståelse efter VSL (virksomhedsskatteloven) § 15 a, stk. 1-2, ved delvist ophør efter VSL (virksomhedsskatteloven) § 15 a, stk. 3, og ved delvis skattefri virksomhedsomdannelse efter VSL (virksomhedsskatteloven) § 16 a, stk. 2. Reglerne herom er behandlet i henholdsvis E.G.2.15.1.5 Delvis afståelse (valgmulighed), E.G.2.15.1.6 og E.G.2.15.2.3 Delvis, skattefri virksomhedsomdannelse. Se endvidere SKM2005.537.LSR om opgørelse af værdien af indskuddet ved overførsel af en ejendom med tilhørende prioritetsgæld til virksomhedsordningen. Klageren drev virksomhed ved landbrug og som vognmand og anvendte virksomhedsordningen. Pr. 15. juli 2000 fraflyttede klageren stuehuset på sin landbrugsejendom, og stuehuset blev pr. denne dato udlejet. Indskud af stuehuset i virksomhedsordningen blev af klageren opgjort som et nettobeløb svarende til ejendomsværdien med fradrag af forholdsmæssig prioritetsgæld. Landsskatteretten fandt ikke, at der ved opgørelsen af værdien af indskuddet kunne foretages fradrag af gæld, der samtidig blev overført. Samtidig overførsel af gæld fra klageren til virksomheden blev i henhold til VSL (virksomhedsskatteloven) § 5 anset som en hævning.
I SKM2006.721.SR fandt Skatterådet, at der ikke kunne anvendes en nettoopgørelse i forbindelse med, at en gældsbehæftet fast ejendom blev indskudt fra privatøkonomien til virksomhedsordningen. Overførslen af ejendommen skulle således behandles som to transaktioner: Dels tilførslen af ejendommens værdi til indskudskontoen, dels hævning af et beløb svarende til prioritetsgældens værdi, jf. VSL (virksomhedsskatteloven) § 5.Skatteyder kunne vælge mellem at indskyde prioritetsgælden i virksomhedsordningen eller holde gælden udenfor. Hvis skatteyderen valgte at overføre gælden til virksomhedsordningen, skulle overførslen anses for en hævning efter VSL (virksomhedsskatteloven) § 5. | 
