Bekendtgørelsens § 54 fastsætter reglerne for, hvordan de enkelte konti skal afsluttes.
Momskontiene afsluttes ved hver momsperiodes udløb. Saldoen på kontoen for købsmoms, saldoen på kontoen for moms af varekøb fra udlandet samt saldoen på kontoen for moms af køb af ydelser med omvendtbetalingspligt, overføres til salgsmomskontoen. Salgsmomskontoen viser herefter det momsbeløb, som virksomheden skal indbetale til SKAT, eller det momsbeløb, som virksomheden skal have godtgjort.
Ved indbetalingen til eller udbetalingen fra SKAT føres det betalte eller godtgjorte beløb på kontoen for salgsmomsen, der hermed udlignes.
I stedet for at overføre saldi fra de nævnte konti til kontoen for salgsmoms kan virksomheden oprette en konto for afregning med SKAT og overføre momsen hertil.
Momsregnskabet for en momsperiode skal være ført inden momsangivelsens indsendelse. SKAT kan kræve, at virksomhedens bogføring efter en frist på mindst 14 dage skal være ajourført for momsperioder, for hvilke fristen for indsendelse af angivelsen er udløbet, jf. § 67, stk. 2, i bekendtgørelsen.
Efter bekendtgørelsens § 54 b kan kravet om at virksomhedens regnskab skal indeholde særlige konti, svarende til momsangivelsens rubrikker, anses for opfyldt i det omfang virksomheden på SKATs anmodning kan fremskaffe og specificere de oplysninger, der skal fremgå af de særlige konti i kraft af virksomhedens elektroniske programmer og koder. Dvs. at det er tilstrækkeligt, at virksomhedens bogføringsprogram kan visse trække disse oplysninger, hvilket forudsætter, at der er kontrol- revisionsspor, således at de enkelte transaktioner til enhver tid kan følges. | 
