Der er en række forskelle mellem overførsel til medarbejdende ægtefælle, overførsel efter den friere fordelingsregel og lønaftale.
Den afgørende forskel mellem de 3 regelsæt, som har konsekvenser for ægtefællernes indkomstopgørelse, er, at bestemmelserne om overførsel til medarbejdende ægtefælle og den friere fordelingsregel kan betragtes som regler om skatteberegning.
Bestemmelsen om lønaftale kan derimod betragtes som en statusregel, hvorefter den ægtefælle, som deltager i driften af virksomheden, betragtes som lønmodtager, og den ægtefælle, der i overvejende grad driver virksomheden, anses for arbejdsgiver.
Ved overførsel til medarbejdende ægtefælle og ved overførsel efter den friere fordelingsregel betragtes den overførte overskudsandel/resultatandel som indtjent ved selvstændig erhvervsvirksomhed.
Den medarbejdende ægtefælle får overført en andel af virksomhedens skattepligtige overskud før kapitalindtægter og -udgifter. Det betyder, at fradrag for virksomhedens driftsudgifter er foretaget af den anden ægtefælle, jf. KSL (kildeskatteloven) § 25 A, stk. 4, før beregningen af overskuddet til den medarbejdende ægtefælle finder sted.
Ved overførsel efter den friere fordelingsregel skal der ved opgørelsen af skattepligtig indkomst, personlig indkomst og kapitalindkomst ske en fordeling af virksomhedens aktiver og passiver mellem ægtefællerne efter samme forhold, som virksomhedens resultat fordeles mellem ægtefællerne.
Ved lønaftale betragtes den deltagende ægtefælles andel som A-indkomst. I relation til arbejdsgiverægtefællen er der ved lønaftale tale om en almindelig lønudgift, som fradrages i virksomhedens indkomst, før der foretages skattemæssige afskrivninger.
Endvidere giver reglen om lønaftale ægtefællerne mulighed for at aflønne den deltagende ægtefælle i overensstemmelse med denne ægtefælles kvalifikationer og præsterede arbejdsindsats, sådan som det er tilfældet for ugifte par og ægtefæller, der driver virksomhed i selskabsform.
Det betyder, at ægtefæller, som er afskåret fra at anmode om overførsel til medarbejdende ægtefælle eller fra at anvende den friere fordelingsregel, fordi den deltagende ægtefælles arbejdsindsats ikke opfylder væsentlighedskriteriet eller de særlige betingelser herudover for fri fordeling, med fordel kan anvende reglen om lønaftale.
Det samme gælder for de ægtefæller, der på grund af det beløbsmæssige maksimum ved overførsel til medarbejdende ægtefælle, ikke kan sikre den deltagende ægtefælle en aflønning, som er i overensstemmelse med denne ægtefælles kvalifikationer og arbejdsindsats.
Ved lønaftale kan ægtefællerne desuden sikre den deltagende ægtefælle et bedre beregningsgrundlag ved tildeling af sociale ydelser. | 
