Afgrænsningen af hvilke udgifter, der kan fradrages som driftsomkostninger ved opgørelsen af indkomsten efter FBL (fondsbeskatningsloven) § 3, skal som udgangspunkt foretages efter de retningslinier, der er gældende ved opgørelsen af aktieselskabers skattepligtige indkomst.
Imidlertid kan der forekomme udgifter, som er nødvendige at afholde af hensyn til fondens eller foreningens virksomhed, uden at udgiften kan anses for direkte at vedrøre indkomsterhvervelsen eller har karakter af en uddeling. Der gælder derfor et udvidet omkostningsbegreb for fonde m.v., som bevirker at visse udgifter kan fradrages ved opgørelsen af den skattepligtige indkomst, selvom udgiften ikke i traditionel forstand kan anses for at være afholdt for at erhverve, sikre og vedligeholde indkomsten.
Som eksempler kan nævnes en stiftelses udgifter til drift af stiftelsens friboliger eller en ikke-erhvervsdrivende forenings omkostninger til kontorhold. Se dog sagen SKM2004.72.LR refereret under afsnit S.H.16.2 Afgrænsningen mellem driftsomkostninger og uddelinger hvor der ikke kunne foretages fradrag for en fonds omkostninger til forbedring og vedligeholdelse m.v. af de af fonden ejede ejendomme efter FBL (fondsbeskatningsloven) § 3, da der ikke var tale om udgifter, der var nødvendige for at fonden kunne varetage sit erhvervsmæssige formål.
I TfS 1999, 494 LSR, godkendte Landsskatteretten en fonds fradrag for tab på en fordring mod en tidligere forretningsbestyrer, idet fordringen var opstået som følge af forretningsbestyrerens besvigelser overfor fonden. Landsskatteretten indrømmede fradrag efter KGL (kursgevinstloven) § 1, uanset om fordringen var erhvervet i tilknytning til den erhvervsmæssige drift af virksomheden. Landsskatteretten godkendte endvidere fradrag for nogle advokatomkostninger, jf. SL (statsskatteloven) § 6, stk. 1, litra a, som fonden havde afholdt i forbindelse med inddrivelsen af ovennævnte fordring.
Rejseudgifter ved afholdelse af bestyrelsesmøder i udlandet kan ikke godkendes som driftsomkostninger.
Rejseudgifter i forbindelse med besøg i Danmark af en fondsstifter er derimod godkendt, idet stifterens aktivitet i Danmark havde nær tilknytning til fondens indtægtserhvervelse ved gaver.
Erhvervsdrivende fonde kan fradrage årsafgiften til Erhvervs- og Selskabsstyrelsen ved opgørelsen af den ikke-erhvervsmæssige indkomst. Registreringsafgiften kan fradrages med hjemmel i LL (ligningsloven) § 8 J.
Afgrænsningen af afskrivningsberettigede udgifter må ligeledes ses i lyset af de særlige investeringer, der foretages af hensyn til fonds- eller foreningsvirksomheden. Dette gælder, selv om denne virksomhed kan karakteriseres som erhvervsmæssig. Hvad bygningsafskrivninger angår, er det dog en forudsætning for skattemæssige afskrivninger, at der er tale om en afskrivningsberettiget bygning, jf. AL (afskrivningsloven) § 14. | 
