Hvis ligningen medfører, at den skattepligtige indkomst eller virksomhedens overskud ændres, vil der på grundlag af den ændrede skattepligtige indkomst eller fordeling af overskud ske en ændring af skatteberegningen. Efter VSL (virksomhedsskatteloven) § 10 kan den skattepligtige som udgangspunkt kun overføre overskud fra virksomheden indtil udløbet af fristen for indgivelse af selvangivelse. Endvidere kan indskud ikke finde sted efter indkomstårets udløb. Dog sker overførsel af finansielle aktiver og passiver med virkning for indkomstårets ultimobalance, selv om denne udarbejdes efter indkomstårets udgang. Hvis virksomhedens overskud bliver forøget som følge af ligningsmæssige ændringer, er der efterfølgende mulighed for at afsætte beløb til overførsel, jf. VSL (virksomhedsskatteloven) § 10, stk. 1, 3. og 4. pkt. Hvis den skattepligtige ikke anviser hvorledes ændringen skal effektueres, vil yderligere overskud blive anset for opsparet, hvis virksomhedsskattelovens regler iøvrigt betinger det. Den skattepligtige har herefter mulighed for at få ændret hensættelserne til senere faktisk hævning. Ændringen kan højst udgøre et beløb svarende til ansættelsændringen. Den skattepligtige har den mulighed, når betingelserne for at ændre skatteansættelsen efter genoptagelsesreglerne i SFL (skatteforvaltningsloven) § 26 eller § 27 er opfyldt. Adgangen til at ændre overskudsdisponeringen gælder kun ændring af hensættelser til senere faktisk hævning. De beløb der står på kontoen for hensættelser til senere faktisk hævning, er beløb i virksomhedsordningen, som den erhvervsdrivende kan hæve i det følgende år forud for visse andre hævninger. Se nærmere afsnit E.G.2.6.4 Selve overførslerne om hensættelser til senere faktisk hævning. Beløb, der er overført til privat forbrug, kan ikke ændres efterfølgende. Adgangen til at afsætte yderligere beløb til overførsel gælder fortsat ikke ved ansættelsesændringer som følge af fejl ved den selvangivne overskudsdisponering, men alene ved ændringer af virksomhedens overskud, jf. TfS 1998,720 (LSR). Told- og skatteforvaltningen skal gøre den skattepligtige opmærksom på muligheden for at få ændret hensættelserne. SKM2001.660.HR hvor nogle skatteydere blev nægtet adgang til efterfølgende at indskyde privat gæld samt renter heraf i virksomhedsordningen for tidligere indkomstår, under henvisning til, at et sådant indskud ville indebære en faktisk hævning fra virksomhedsordningen. Højesteret stadfæstede dommen med de begrundelser, der blev anført af landsretten. I TfS 1999, 219 LSR, havde skattemyndighederne ansat en værdi af fri bil (varevogn) som indgik i virksomhedsordningen, da bilen blev anset for privat anvendt. Revisor anmodede den 6. august 1998 om efterfølgende at udtage bilen af virksomhedsordningen pr. 1. januar 1995. Landsskatteretten fandt ikke grundlag for at pålægge skattemyndighederne at genoptage indkomstansættelserne. Bilen kunne ikke efterfølgende udtages af virksomhedsordningen, allerede fordi der alene kunne ske overførsel inden udløbet af fristen for indgivelse af selvangivelsen, som var 30. juli 1997. Se endvidere SKM2002.212.LR, hvor en bil heller ikke kunne føres ud af virksomhedsordningen efter omgørelsesreglerne i dagældende SSL § 37 C. Virksomhedsordningen ændrer ikke på gældende regler og praksis om efterfølgende af- og nedskrivninger som angivet i AL (afskrivningsloven) § 52, HUSDY § 5, VL § 7 og bekendtgørelse nr. 1287 af 13. december 2005 (tidligere TSS-cirkulære 2000-34). Også ændringer i selvangiven indkomst uden for virksomheden vil således kunne medføre, at virksomhedens overskud ændres, dersom der meddeles tilladelse til efterfølgende af- og nedskrivning. | 
