Finansielle indtægter kan ikke omfattes af tonnagebeskatningen, og finansielle udgifter kan ikke fradrages. Hvis et tonnagebeskattet rederiselskab har finansielle nettoindkomster, kommer disse altid til beskatning efter de almindelige regler.
Hvis selskabet har finansielle nettoudgifter, fordeles disse på den tonnagebeskattede del og den almindeligt beskattede del af virksomheden, idet kun den del af de finansielle udgifter, som kan henføres til den almindeligt beskattede virksomhed, vil kunne føres til fradrag. Nettofinansudgifter fordeles forholdsmæssigt efter den regnskabsmæssige værdi af de aktiver, der er knyttet til den tonnagebeskattede virksomhed, og de aktiver, der er knyttet til den almindeligt beskattede virksomhed.
Valutakursgevinster og -tab holdes uden for beregningen af nettofinansudgifter. I stedet fordeles valutakursgevinster og -tab og beskattes efter samme regler som for nettofinansudgifter. Hvis således et selskab, som driver såvel tonnagebeskattet virksomhed og anden virksomhed, eksempelvis har nettofinansudgifter (excl. valutakursgevinster og tab) på 100 og en nettovalutakursgevinst på 150, vil begge poster skulle fordeles mellem den tonnagebeskattede virksomhed og den virksomhed, som beskattes efter de almindelige regler. Antages det i eksemplet, at halvdelen af nettofinansudgifterne og nettovalutakursgevinsterne vedrører den almindeligt beskattede virksomhed, vil nettoresultatet være, at en nettoindkomst på 25 komme til beskatning i den almindeligt beskattede virksomhed, mens de resterende 25 henføres til den tonnagebeskattede virksomhed. Uden en særlig regel for fordeling valutakursgevinster og tab ville samtlige 50 komme til beskatning efter de almindelige regler.
Ved opgørelsen af nettofinansudgifter eller -indtægter medgår renter, gevinst og tab omfattet af kursgevinstloven samt eventuel rentekorrektion for overkapitalisering, jf. afsnit S.C.8.4.5 Overkapitalisering af tonnagebeskattede rederier nedenfor.
I SKM2007.179.LSR drev et selskab færgerederi og var omfattet af tonnageskatteordningen. Selskabets investeringer i et fritidscenter og et golfanlæg ansås ikke for omfattet af tonnageskatteordningen. Der kunne derfor foretages fradrag for nettofinansieringsudgifter efter skattelovgivningens almindelige regler på baggrund af en fordeling af aktiverne efter tonnageskattelovens § 12.
På baggrund af Landsskatteretskendelsen gengivet i SKM2011.119.LSR har SKAT udsendt et styresignal om genoptagelse med SKM2011.336.SKAT. Landsskatteretten fandt, at aktier og anparter ikke er tilknyttet den tonnagebeskattede rederivirksomhed efter den dagældende bestemmelse i TSL § 12, stk. 1. Det har hidtil været SKATs praksis, at aktier og anparter i rederidatterselskaber skulle anses som tilknyttet den tonnagebeskattede rederivirksomhed. Styresignalet beskriver muligheden for genoptagelse med henblik på fradrag for nettofinansudgifter herunder den fordeling, der skal foretages i forhold til egne aktiver tilknyttet den tonnagebeskattede rederivirksomhed og øvrige aktiver.
Tonnageskattelovens § 12, stk. 1 er ændret ved lov nr. 540 af 6. juni 2007 (CFC-beskatning og indgreb mod kapitalfonde m.v.). Lovændringen har virkning for nettofinansudgifter, der vedrører perioden fra og med den 1. juli 2007.
Ændringen er en konsekvens af rentebegrænsningsreglerne som følge af indgrebet mod kapitalfonde. De særlige regler om fordeling af nettofinansudgifter er ophævet, og i stedet henviser tonnageskattelovens § 12 til, at nettofinansudgifter beskattes efter skattelovgivningens almindelige regler efter eventuel fradragsbegrænsning i selskabsskattelovens § 11 B. Der er i selskabsskattelovens § 11 B, stk. 5, indsat bestemmelser om, at tonnagebeskattede aktiver holdes ude af den aktivmasse, der kan begrunde rentefradrag i selskabsskattelovens § 11 B. | 
